Tahun 1970-an MUI (Majelis Ulama Indonesia) mengeluarkan dua fatwa identik yaitu Masalah Jama’ah-Khalifah dan Bai,at yang dianut oleh Jamaah Muslimin Hizbullah pimpinan Syeh Wali Al Fatah dan Fatwa tentangĀ Islam Jamaah yang dimotori oleh KH. Nur Hasan Al-Ubaidah. Kedua fatwa tersebut memiliki esensi yang sama yaitu: Masalah Islam jamaah, Baiat dan Khalifah/Amirul Mukminin.
Dalam fatwa Masalah Jama’ah-Khalifah dan Bai’at, MUI hanya memberikan keterangan tentang istilah-istilah: Jama’ah, Khalifah dan Bai’at namun sama sekali tidak menyatakan kelompok tersebut menyimpang atau sesat. Dalam poin 4.1. fatwa tersebut menyatakan: “Biasanya kalau ajarannya menyimpang hanya mempunyai pengikut terbatas dan tidak, berkembang”. Dalam fatwa tersebut MUI TIDAK mengeluarkan larangan terhadap aliran tersebut.
Sebaliknya, walaupun memiliki muatan yang sama persis, Fatwa tentang Islam Jamaah berisikan larangan terhadap kelompok aliran tersebut karena dianggap menyimpang atau sesat.
Fatwa MUI tentang Islam Jamaah akhirnya terbukti menjadi batu sandungan dalam kerukunan umat beragama di alam demokrasi dan kebebasan saat ini. Beberapa pokok ajaran Islam jamaah yang menjadi kontrovesi itu adalah: Baca lebih lanjut